Permanenta märkpennor fungerar genom att använda bläck baserat på lösningsmedel. Oftast alkohol eller xylen som snabbt avdunstar efter applicering och lämnar en fast, vattenbeständig färg kvar på ytan. Bläcket består av färgpigment som binds till ytan när lösningsmedlet torkar vilket skapar den permanenta effekten.
Till skillnad från vattenbaserade bläckprodukter kan dessa märkpennor skriva på ytor som papper, glas, plast, sten, metall och textil utan att smetas ut eller blekna lätt. De är särskilt populära i miljöer där slitstyrka och synlighet är avgörande.